Att jobba med öppna data, i ett så kallat open source-samarbete, blir allt vanligare. Många företag är överens om att det är ett effektivt sätt att utveckla läkemedel på.
Tidigare har det ofta varit ett väldigt hemlighetsmakeri kring varje forskningsprojekt, men nu går företag i stället ihop i öppna samarbetsprojekt. Vi träffade forskargruppen Ultra-DD som arbetar på det sättet, i ett unikt samarbete mellan akademin och några stora läkemedelsbolag.
– Vår uppgift är att förbättra både kvalitet och innovationer i tidig forskning inom läkemedelsutveckling, säger Michael Sundström. Han är forskningschef på det internationella forskningskonsortiet Structural Genomics Consortium, SGC, som initierade Ultra-DD.
Vi befinner oss högt upp i en av de runda byggnaderna med massor av glasfönster på Karolinska institutets område. Arbetsgruppen hyr nämligen in sig i Science parks lokaler i Solna.
– Vi jobbar med att försöka förstå bland annat inflammations- och autoimmuna sjukdomar bättre, berättar Michael Sundström.
Sättet de gör det på är det som kallas open source private public partnership. Det går ut på att akademin och stora läkemedelsföretag som exempelvis Pfizer och Novartis samarbetar. Data, kunskap och forskningsverktyg som tas fram delas sedan via öppna databaser och publikationer.
– Det är viktigt att data kommer ut publikt på det här sättet för att på ett snabbare och bättre sätt använda forskningsanslag till någonting som är praktiskt användbart, säger Michael Sundström.
Projektet Ultra-DD är en del av ett stort internationellt samarbete, där Sverige är en ganska liten del. Hela konsortiet SGC består av 260 personer totalt som finns utspridda Stockholm, Oxford, Toronto, Campinas, North Carolina, Frankfurt och Zürich.
I Stockholm jobbar forskarna med testsystem som bygger på till gång till blod eller biopsier från patienter och friska personer, samt arbetar med att ta fram högkvalitativa antikroppar. Resultaten som sedan kommer ser läkemedelsföretagen samtidigt som forskarna ser dem.
– I det stora hela är det grundforskning som syftar till att kunna tillämpas både inom ett akademiskt och kommersiellt fält, för att kunna utveckla nya läkemedeskandidater, säger Michael Sundström.
Sedan mars i år är de aktiva och finansierade. Läkemedelsbolag står för 50 procent av finansieringen och resterande medel kommer från privata finansiärer och rent publika pengar som exempelvis från EU.
Michael Sundströms team arbetar nära två laboratorier i Oxford och i Toronto. Alla jobbar enligt samma principer och det finns alltid någon typ av lokal finansiering. Finansieringspengarna från läkemedelsbolagen delas upp till projekt där de behövs mest.
– När vi började fanns det inga kemiska substanser som man kunde använda i testsystem, men nu har vi tagit fram knappt 40 högkvalitativa epigenetiska targets som vi distribuerar fritt till företag och akademiska forskare så länge de förbinder sig till att bara använda substanserna till forskning, säger Michael Sundström.
Blir det inte huggsexa om resultaten?
– Jo, men alla är med på det. Vi har kommit överens om att allt från den här tidiga fasen görs öppet och i samarbete. Till exempel från när vi rent teoretiskt bestämmer vilka proteintargets som är intressanta att jobba med till att vi levererat proteinprover, satt upp assays, utvecklat kemi, antikroppar, tagit fram proteinstrukturer och fått data från patienttestsystem. Men sedan är alla medvetna om att ja, visst kommer det att bli huggsexa därefter.
Trots konkurrensen är företagen rörande eniga om att de behöver samarbeta, i alla fall i tidig fas, för att få bättre targets i kliniska prövningar, menar Michael Sundström.
– Läkemedelsbolagen får ut oerhört mycket öppen forskning för en relativt liten investering. Många läkemedelsföretag jobbar ofta med samma saker. Med det här projektet kan vi minska dupliceringen och använda resurserna på ett bättre sätt, säger Michael Sundström.
Allt låter lite för bra för att vara sant. Michael Sundström berättar att det till en början var lite tungrott i och med att det är så många samarbetspartners, men att de nu jobbat tillsammans så pass länge att det går betydligt smidigare. Dock menar han att vissa ser det som en hake att all data är öppen, i och med att det innebär att just den substansen inte går att ta patent på och kommersialisera. Trots det anser han att projektets arbetsuppbyggnad fungerar i praktiken och att det stimulerar till att nya substanser går in i klinisk prövning.
– Vanligtvis tar det minst sex till åtta år från att ett forskningsprojekt initieras till att klinisk prövning påbörjas men för oss tog det två och ett halvt år gällande brodomaininhibitorer.
De enda data som inte delas är resultat som ses som lågkvalitativa eller osäkra.
– Det skulle vara slöseri med resurser att fortsätta jaga något som man inte är säker på, säger Michael Sundström.
I och med att läkemedelsföretag är med och finansierar får företagen också vara med och påverka arbetet. Det kan bland annat vara strategiska prioriteringar, vilka sjukdomsområden det ska forskas på och vilken typ av proteiner som ska studeras.
De första resultaten på patientmaterialbaserade assays har nu tagits fram i Oxford, men det behöver göras fördjupade studier för att förstå responsen och testa på ett förfinat sätt. I Stockholm ligger forskarna ett par månader efter i fas och arbetar nu med material från friska frivilliga för att utveckla och optimera testsystemen innan arbetet med patientmaterial påbörjas.
Louise Berg är koordinator för projektet inom Ultra-DD som går ut på att ta fram testsystem som bygger på att man har tillgång till patientmaterial.
– Just nu vill vi ta reda på hur giftiga 37 olika utvalda kemikalier är. Om blodcellerna överlever kemikalierna överhudtaget och sedan gå vidare och se hur stor dos vi ska använda i så fall, för att inte cellerna ska dö men ändå tillräckligt hög dos för att substanserna ska ha effekt, säger Louise Berg.
Inne i labbet sitter Yvonne Sundström på en stol framför ett labbskåp med fullt fokus. Hon centrifugerar celler för att få bort serumet och separerar vita blodceller. Cellerna ramlar då längst ner i röret och man kan byta ut vätskan. Cellerna odlas sedan i kroppslik miljö och läkemedel tillsätts för att se om det hämmar processer som är viktiga sjukdomarna som studeras, till exempel produktion av autoantikroppar.
– Det känns jättespännande att komma igång och Yvonne har satt upp det första överlevnadsexperimentet för några veckor sedan. Hon har lovat att skicka hennes första data nu i dagarna och det blir hemskt roligt att se resultaten, säger Louise Berg.
