En rad länder i Europa och övriga världen saknar möjligheter att övervaka covid-19-viruset sars-cov-2 med helgenomsekvensering. Det kan fördröja upptäckten av virusvarianter med mutationer som till exempel ökar smittsamheten eller minskar vaccinernas effekt. EU:s smittskyddsmyndighet ECDC gör därför under hösten en stor satsning för att stärka övervakningen i medlemsländer som själva saknar kapacitet.
Övervakar fortlöpande virusvarianter
Under coronapandemin använder världen för första gången fortlöpande helgenomsekvensering av virusprover för att följa och försöka bromsa en pandemi. Vid helgenomsekvensering kartlägger man virusets hela arvsmassa och kan se de förändringar som hela tiden sker genom mutationer. Hittills har vård och forskare runt om i världen identifierat över två miljoner gensekvenser (virusets genetiska profil) och delat dem med varandra i den globala databasen Gisaid.
Ett viktigt syfte med detta är att tidigt kunna upptäcka nya problematiska virusvarianter. De varianter som oroar är framför allt de som har mutationer i vissa kritiska områden i arvsmassan. Det gäller områden där mutationer kan ha betydelse för smittsamhet och sjukdomens allvarlighetsgrad. Det gäller även mutationer som kan försämra effektiviteten hos befintliga vacciner, läkemedel och tester.
De senaste dagarna har det till exempel kommit mediaapporter från Storbritannien om en förändrad version av deltavarianten, med beteckningen AY.4.2, som börjat kallas delta plus. Den utgör omkring sex procent av de nya fallen i Storbritannien där experter befarar att den kan vara smittsammare än delta.
Europeiskt och globalt samarbete
Övervakningssystemen för att snabbt upptäcka oroande virusvarianter hör nu till de viktigaste verktygen i kampen mot covid-19.
– Vi letar efter signaler om förändringar hos viruset som kan kräva olika typer av motåtgärder, förklarar Bruno Ciancio, chef för övervakningsenheten vid EU:s smittskyddsmyndighet ECDC, med huvudkontor i Solna i Stockholm.
ECDC stöder och samordnar variantövervakningen inom EU och EFTA och ingår även i en grupp som arbetar med den globala övervakningen i regi av Världshälsoorganisationen, WHO. ECDC följer löpande rapporteringen i databasen Gisaid och mediarapporteringen om covid-19 för att hitta signaler om nya varianter som man behöver hålla koll på.
Myndigheten gör analyser och prognoser och kommunicerar dagligen med medlemsländernas expertmyndigheter. Dessutom håller företrädare för länderna, ECDC och WHO Europe regelbundna möten flera gånger i månaden. Där uppdaterar de varandra om den senaste utvecklingen och vilka trender som syns globalt.
Dyrbart helgenomsekvensera virusvarianter
Men det finns en hel del vita fläckar på övervakningskartorna. Det beror inte minst på att helgenomsekvensering kräver avancerad utrustning och kompetens som inte alla länder har haft råd att skaffa sig. Exempelvis saknar många länder i Afrika tillräckliga resurser för övervakning av sars-cov-2 för att få en heltäckande bild av vilka varianter som sprids.
Och även i Europa finns ett flertal länder som saknar sådan kapacitet.
– Det är en av våra största utmaningar för närvarande att alla medlemsstater inte har tillräcklig kapacitet att sekvensera viruset för att säkra att vi upptäcker nya varianter tidigt, säger Bruno Ciancio.
Enligt ECDC:s rekommendation bör länderna sekvensera minst tio procent av det totala antalet konstaterade fall. Men under veckorna 35 och 36 var det till exempel bara 17 länder (däribland Sverige) som rapporterade en tillräckligt hög volym av helgenomsekvensering, medan nio länder rapporterade en otillräcklig volym och fyra länder inte rapporterade några data alls om detta. Framför allt länder i Östeuropa och på västra Balkan har svårt att klara variantövervakningen.
Behöver stärka systemet
Bruno Ciancio framhåller att dessa hål i övervakningsnätet är ett allvarligt problem både för de berörda länderna själva och för alla andra länder i Europa och övriga världen:
– Man vet aldrig var och när en ny variant dyker upp. Bara genom att upptäcka dem tidigt kan vi ha möjlighet att påverka utvecklingen genom att sätta in förstärkta smittskyddsrestriktioner. Även om det inte går att helt stoppa nya varianter så kan man fördröja spridningen med olika åtgärder. På så sätt köper vi oss tid för att exempelvis kunna ta fram mer träffsäkra vacciner.
– Men utan åtgärder kan nya varianter snabbt sprida sig till andra länder. Därför behöver vi stärka övervakningssystemet i Europa.
Bygger laboratorier
ECDC gör under hösten en stor satsning för att stärka medlemsländers kapacitet för övervakning och tidig upptäckt av virusvarianter som kan orsaka problem. Satsningen är ett svar på en begäran från EU-kommissionen om ökade möjligheter till snabb upptäckt av virusvarianter.
ECDC kommer bland annat att fördela ett stöd på sammanlagt drygt 77 miljoner euro till länder som ansöker om det. Pengarna ska gå till sådant som att bygga laboratorier eller förbättra befintliga och att köpa in ny utrustning. ECDC står för 90 procent av kostnaden medan medlemslandet själv betalar tio procent.
Myndigheten hade i slutet av september slutit avtal om 24 sådana stödprojekt runt om i Europa.
Förutom detta finansiella stöd till utbyggd analyskapacitet erbjuder ECDC sedan februari i år även medlemsländer praktisk hjälp med helgenomsekvensering. Länder med små egna resurser kan skicka sina virusprover till laboratorier som ECDC har avtal med. Genom denna service blir nu tiotusentals fler sars-cov-2-prover sekvenserade.
Som ytterligare en del av stödet erbjuder ECDC även medlemsländer olika utbildningsinsatser.
Höstprognos för virusvarianter
För närvarande ser ECDC, enligt den senaste prognosen, inga oroande signaler om nya virusvarianter av särskild betydelse i Europa. Deltavarianten har tagit över och dominerar just nu i samtliga medlemsländer. Den sprider sig lättare än tidigare dominerande varianter, men hos fullvaccinerade skyddar nuvarande covid-19-vacciner effektivt mot allvarlig sjukdom och död även av deltavarianten.
I prognosen beskriver ECDC att om en ny variant med förmåga att konkurrera ut delta dyker upp, så tar detta sannolikt minst två till tre månader. Därför bedömer myndigheten inte att nya varianter kommer att ha någon avgörande påverkan på covid-19-situationen i Europa före årsskiftet.
– Att nya varianter av sars-cov-2 kom till i så hög takt under andra halvan av 2020 och början av 2021 var en utveckling som den höga smittspridningen drev på. När smittspridningen går ned sker virusets förändring långsammare, säger Bruno Ciancio.
– I det långa loppet räknar vi med att förändringarna av sars-cov-2 kommer att ske i ungefär samma takt som för andra liknande virus.
ECDC bedömer att övervakningen av sars-cov-2 med helgenomsekvensering för att bland annat upptäcka nya varianter kommer att behöva fortsätta under överskådlig framtid.
– På sikt kommer den att ske genom samma mekanismer som övervakningen av säsongsinfluensa. Och en positiv effekt som covid-19 trots allt för med sig är att vi kommer att få en förbättrad övervakning även av influensa genom den kunskap och de resurser som vi nu bygger upp.
