Regeringen har nu lagt en proposition om att en ny myndighet för folkhälsofrågor ska bildas den 1 januari 2014. Folkhälsomyndigheten blir namnet och den kommer att rymma de verksamheter som idag bedrivs av Smittskyddsinstitutet, SMI, och Statens folkhälsoinstitut, FHI.
Dessutom tycker regeringen att vissa av Socialstyrelsens uppgifter inom hälsoskydd och folk- och miljöhälsorapporteringen bör flyttas till den nya myndigheten. Den nya myndighetens verksamhet ska ligga både i Östersund där FHI ligger idag och i Stockholmsområdet där SMIs verksamhet finns.
I november 2012 presenterade Socialdepartementet en promemoria med förslag om den nya folkhälsomyndighet som sedan har varit pår remiss. Förändringen innebär tredje delen i arbetet med att förändra strukturen för myndigheterna inom vård- och omsorgsområdet. Den 1 januari 2014 ska Folkhälsomyndigheten ta vid och de andra två myndigheterna avvecklas.