1,5 miljoner covid-19-prover en okänd forskarskatt
Positiva covid-19 prover skickas till NPC på KI från hela landet. En del av proverna sekvenseras, och samtliga prov sparas i den nationella provsamlingen. Foto: Andreas Andersson

1,5 miljoner covid-19-prover en okänd forskarskatt

KI:s samling av covid-19-prover är överlägset störst i Norden. Nu ska den hjälpa forskningen.

3 mar 2023, kl 09:12
0

Jessica Alm

Jessica Alm.
Foto: Andreas Andersson

Tjugotre frysar på Nationellt pandemicentrum på Karolinska institutet är fyllda med 1,5 miljoner covid-19-prover från alla landets regioner.

– Samlingen av covid-19 prover är unik på så många olika nivåer. Hela Sverige skickar prover hit. Det är den enda nationella provsamlingen som finns. Den är garanterat den största covid-19-samlingen i Norden, kanske i hela Europa, säger enhetschefen Jessica Alm som även är expertkoordinator på KI:s Centrum för hälsokriser.

Ett tecken på att samlingens storlek verkligen är ovanlig är att Irländska staten gjorde en stor affär av att man gick in med fler miljoner euro för att skapa en provsamling med 8000 prover.

– Det blev en jättegrej, jag skickade artikeln om det till vår personal, säger Jessica Alm med ett litet leende i rösten.

Övervakar hur viruset förändrar sig

Nationellt pandemicentrum har i uppgift att övervaka och sköta sekvenseringen av nya varianter av viruset, på uppdrag av Folkhälsomyndigheten. Sedan februari 2021 har centret har utfört mellan 50 och 70 procent av sekvenseringen av landets alla prover. Under 2020 utförde NPC diagnostik, så de första proverna kom in redan i april 2020 och det fortsätter komma in prover till provsamlingen.

– Vi får in positiva prover varje vecka och följer löpande vilka varianter av viruset som är i omlopp och hur det förändrar sig. Det är en del av det nationella covidövervakningsprogrammet, berättar hon.

Arbetet med samlingen av covid-19-prover görs tillsammans med Biobank Sverige, vars arbete med covid-19-prover Läkemedelsvärlden tidigare skrivit om, samt landets alla 21 regioner. Juridiskt ägs proverna av regionerna och ingår i deras egna biobanker, men de förvaras på Nationellt pandemicentrum.

Hittills har den unikt stora provsamlingen använts mycket begränsat av forskare. Det har gjorts några studier för att ta fram tester för nya varianter av viruset.

– Tanken är att provsamlingen ska finnas tillgängligt för forskare som vill förstå mer om covid-19, göra olika typer av studier och kanske lyckas se till att vi får en viss beredskap inför nästa pandemi. För förr eller senare kommer det en till, säger Jessica Alm.

Är ännu inte lanserad på bred front

Just nu arbetar de för att ta fram en sökbar databas för det enorma materialet av covid-19-prover.

– Alla detaljer är ännu inte på plats. Vi har haft så mycket att göra under pandemins mest aktiva faser att göra att vi helt enkelt inte hunnit. Men nu får vi stöttning av ett IT-team som gör ett användarvänligt IT-verktyg för hantering av provsamlingen.

Nu vill de att provsamlingen ska göras känd för att kunna användas av forskare, man har tagit fram en rutin tillsammans med regionerna för att ansöka om material ur samlingen, arbetar med en hemsida med information om samlingen.

– Provsamlingen är av stort nationellt värde. Kunskapen om att den finns är för liten och det är högt upp på agendan att fler ska få vetskap om den finns och använda den.

Hittills har provsamlingen finansierats av anslag som Nationellt pandemicenter fått för pandemiberedskap.

– Det har inte kostat regionerna något hittills men vi arbetar för att hitta en långsiktig finansiering.