När det gäller patienter med autoimmuna sjukdomar har diskussionen kretsat kring om vaccinet skulle kunna förstärka den underliggande sjukdomen. Men Läkemedelsverket anser att den samlade bedömningen är att risken för det är liten.
För de patienter som behandlas med immunosuppressiva läkemedel har diskussionen i stället handlar om huruvida de får ett tillräckligt bra immunsvar med vaccinet. Eftersom de har ett försvagat immunförsvar blir inte heller reaktionen på vaccinet lika stor som hos en frisk person. Men enligt Läkemedelsverket är även ett ofullständigt immunsvar värt något eftersom det troligtvis ändå minskar risken för komplikationer om patienten skulle drabbas av H1N1.
Slutsatsen från Läkemedelsverket är därför att båda patientgrupperna ska vaccineras med Pandemrix och det i samma doser som friska personer.