Den 67-årige Crawford, som utnämndes till FDA-kommissionär i somras men i praktiken lett myndigheten i tre år, anger åldersskäl som orsak till det överraskande avhoppet.
Hans tid som chef har varit händelserik och Crawford har kritiserats från flera håll. Så sent som i augusti stoppade han mot flera av myndighetens experters vilja ett förslag om att göra ett så kallat dagen efter-piller receptfritt i USA.
President George Bush har utnämnt Andrew von Eschenbach, idag chef för National Cancer Institute, till ny temporär FDA-chef.