Annons

Starkare datasystem ett måste i proteomikens superlabb

Resurscentret för proteomik i Lund innehåller några av världens mest avancerade apparater för proteomanalys. Labbet har kostat över 25 miljoner kronor att utrusta.

24 sep 2004, kl 16:58
0

Annons

Det finns mellan 300 och 400 proteomiklabb i världen. Kanske har fem av dem kapacitet att hantera så stora datamängder som vi, säger professor Peter James.

Han är chef för centret, som är ett av två närmast identiska. Det andra ligger i Göteborg, och båda är del av det fyra år gamla forskningskonsortiet Swegene (se även angränsande artikel).
Resurscentret i Lund är öppet för akademiska forskare från hela Sverige. Här finns robotar, datormjukvara, automatiska provmatare, masspektrometrar och mycket mer. Forskarna kommer med sina prover och får dem bearbetade och analyserade, till en kostnad som ska täcka förbrukningsmaterialet och slitaget på apparaterna.

?Please be VERY CAREFUL?? börjar den vädjande lappen på en provscanner i ett av rummen. ?This is a very expensive instrument.?
Maskinen kostar omkring en miljon kronor.
Och just nu är den faktiskt trasig.
? Vi tror vi vet vad som är fel, och det är inte så dyrt att ordna. Men det tar tid, säger Peter James.

Inga löjliga förväntningar

Han är biokemist, examinerad i Oxford och med doktorsgrad från Swiss Federal Institute of Technology (ETH), där han bland annat arbetade med nobelpristagarna Kurt Wüthrich och Richard Ernst.
Efter två år som post doc i USA och ytterligare några år i Schweiz ville Peter James närma sig medicinen. Då kontaktades han av Swegenes ledning, som undrade om han var intresserad av att komma till Lunds universitet och bygga upp ett helt nytt resurscentrum för proteomik.
? Swegene hade tillräckligt med pengar, centret skulle ligga nära ett stort sjukhus, och i Lund fanns flera skickliga personer som jag gärna ville arbeta med. Dessutom ville jag vara någonstans där förväntningarna inte var så löjligt höga, säger Peter James.
Så han valde Sverige framför USA, där flera universitet kommit med liknande erbjudanden.
? Det har tagit tre år att komma igång ordentligt här. I USA skulle jag aldrig ha fått en sådan inkubationstid.

Vill analysera fem gånger

Under sommaren har det varit lugnt i laboratoriet, men resten av året produceras data i ett enormt tempo. Mindre labb hanterar 10-20 gelbilder i veckan ? här är siffran omkring 150. Resurscentret i Lund producerar en kvarts terabyte information i månaden. Det motsvarar omkring 50 miljoner fullskrivna A4-sidor.
? Vi behöver bättre mjukvara. Det är det största problemet i dag, säger Peter James.
De flesta forskare som vänder sig till resurscentret vill jämföra proteininnehållet i friska och sjuka celler. Då måste man först bryta ner proteinerna till peptider ? upp till tio miljoner per cell. Framöver, hävdar Peter James bestämt, är det dessutom helt nödvändigt att parallellt analysera proteiner och RNA från samma cell. Bara då kan man få pålitliga svar.
Framtidens databaser måste alltså kunna hantera ännu mer information.
? Dessutom måste basen innefatta precis alla fakta kring försöket. Vem som gjorde det, vilken typ av chip man använde, hur gamla kemikalierna var, hur provet hade hanterats innan det matades in? Många tror att bara för att en process är automatiserad så är den pålitlig. Det stämmer förstås inte.
Peter James beskriver flera studier vid andra universitet där forskarna tyckt sig se tydliga resultat, bara för att senare upptäcka att de berodde på åldern på proteinchipen, eller slarv av labb-personalen.

? Jag tycker att alla analyser borde göras minst fem gånger. Men engångsmaterialet inom proteomiken är ofta så dyrt att forskare tvekar att upprepa ett försök. Här på centret gör vi i bästa fall en analys två gånger.

Låg kvalitet på artiklar

Peter James kan inte tvinga forskare som lämnar in prover att beställa en dubbel analys. Men när han granskar vetenskapliga artiklar före publicering ? något som han gör för fler tidskrifter än han kan hålla reda på ? ratar han omedelbart de han tycker bygger på för dålig statistik.
? Alldeles för många artiklar om RNA-analyser tas in i blindo. Ingen kollar rådata eftersom de är så svåröverskådliga. Vi skulle behöva ett system där alla författare matade in sina data, så att vem som helst kunde ladda ner dem och granska dem.

Helig gral

Ett sådant system kommer, det är han övertygad om. Ett antal stora bioinformatikgrupper i världen arbetar på en lösning. En av dem finns i Lund, under ledning av professorn i komplexa system, Carsten Peterson.
Vad kommer proteomiken kunna göra i framtiden?
? Den största utmaningen är att hitta sjukdomsmarkörer i blod. Det är proteomikens heliga gral, säger Peter James.
Hittills har mindre än 3 000 proteiner identifierats i blodet, men alla de kanske 100 000 som kroppen producerar måste finnas där. Det gäller att finna dem, och kunna dra säkra slutsatser av det man ser.
? I dag är den här vetenskapen alldeles för oprecis. Men när proteomiken i detalj kan följa cellens reaktioner, och skilja ut vilka förändringar som är relevanta, då kommer vi att kunna åstadkomma enorma förändringar. Då kan vi tillverka bra mediciner utan biverkningar.

Vi använder cookies för att ge dig den bästa upplevelsen på vår webbplats. Mer information

Dina kakinställningar för denna webbplats är satt till "tillåt kakor" för att ge dig den bästa upplevelsen. Om du fortsätter använda webbplatsen utan att ändra dina inställningar för kakor eller om du klickar "Acceptera" nedan så samtycker du till detta.

Stäng